临床上灰指甲的方法很多，各有其优缺点。
1、手术拔甲：这种方法创面打，易感染、出血。手术后一般会感觉较疼痛，由于“治标不治本”。一般不太理想，容易重新感染复发；患有心脏病、高血压、糖尿病等的患者，不宜进行手术。
2、内服：单纯服用抗有一定疗效，且方便。但因为这类药必须达到所寄生的甲板处才能发挥作用，而且在水中的溶解度低且慢，吸收代谢又很快，所以用药量大，用药时间长。另外，内服后副作用大，伤肝肾且停药后易复发，故不宜作为灰指甲的常规。
3、外用疗法：时需配合打磨病甲，用手足局部整体浸泡的方法进行后 ,使强力渗透至甲板深部及皮肤角质层 ,杀灭寄生在甲板角质内以及周围皮肤角质层内所有的 ,在灰指甲的同时和足 ,使灰指 （趾 ）甲得到整体而 ,杜绝复发的产生。只要药剂选用得当，效果较理想。
总之，灰指甲顽固难治，临床上需要根据患者的病情轻重、患者的年龄、机体的状况、是否伴有系统性疾病等具体分析，有时需几种方法并用才能取得较好的疗效。