正常情况下，木瓜的味道应该是甘甜清爽的，如果带有苦味可能跟以下原因有关：
1、木瓜变质木瓜受到大量的细菌或霉菌等有害物质的感染，导致木瓜变质发苦，其形态软烂并带有异味，是不能吃的。
2、生长问题在生长过程中，木瓜受到高温、干旱、污染、过量农药，或者瓜藤受伤等因素的影响，会通过自我防卫机制产生苦味物质——碱糖甙毒素，这种情况的木瓜品质不好，还带有毒素，也是不能食用的。
3、药用青木瓜买到的木瓜属于药用青木瓜，即使在成熟的情况下，也会带有一丝丝苦味，是比较正常的现在，但其整个外观形态完好，里面的果籽是白色的，并大有粘液和酸味、果实闻起来芳香，是可以用来炖汤食用的，但不适合当水果直接吃。
4、未成熟的木瓜木瓜要成熟了才会带有苦味，如买的木瓜成熟度不够，还是青色的，质地也比较硬，吃起来也是发苦的，这种木瓜一般不直接生吃，会炖汤、凉拌、腌制食用，平时想吃甜的木瓜建议购买黄色的成熟木瓜食用。
5、吃到木瓜的皮或籽木瓜只能吃果肉，食用之前需要去掉其外皮和里面的木瓜籽，再清洗干净便可食用，若是果皮去得太薄，靠近外皮的果肉会带有苦味，因为木瓜果皮中含有苦味成分，并且木瓜籽也带有苦味。