芳香疗法的起源可以追溯到各主要古文明中，如在宗教、医学和人文社会上所表现的种种。例如，中国人早在大约西元前4500年，就已发现植物中具有疾病的功效，而埃及人则发掘了芳香植物间肉体上和精神上的特质。此外，从象形文字和油画中，我们可以知道芳香植物主要是用来献祭神明。有些精油和树脂具有极佳的防腐和杀菌功效，特别像是杉木和乳香，皆因具有这项特质而成为保存尸体到下个世界的良好材料。木乃伊能保存良好达5000年，当归功于尸体防腐法的神奇技术。
在西元前3000年左右，一些利用精油进行宗教仪式和尸体防腐的牧师，开始了解到精油的特质对活着的人也有益处，然而他们却紧守着这个秘密，以作为日后行医时的"神奇"。芳香精油的使用随着化妆品和香水的普遍使用而广达到社会的各个阶层。
从希腊名医希波盖兹，我们知道希腊人对于植物精油的临床效果，和它们做为剂和兴奋剂的价值都有相当程度的了解。希腊人和罗马人在宗教信仰和仪式中使用植物精油，其且在沐浴、按摩和护肤文化中皆被广泛地使用。然而，随着罗马的灭亡，使用这种具挥发性特质的植物精油，在欧洲就逐渐式微了。
这项艺术源远流传至世界各地，尤其是阿拉伯地区。大约西元1000年左右，阿拉伯人首先蒸馏出玫瑰精油，同时，他们也成为当时世界的香水中心，其原料来自埃及、印度及中国，他们所制造出来的成品，也从生产地行销到世界各地。
当十二世纪十字军东征时，这项芳香艺术又被传入欧洲。从文献记载上预示，当时欧洲人将芳香精油适用在防御传染病的用途上，而事实上，它们也真能发挥降低死亡率的功效。十五世纪时，欧洲的大香水制造厂，更将香水广泛地用在人体除臭，及预防疾病的功能上。十七世纪时，甚至香水能引起性欲的功能，也为大众所承认，这可由当时伟大的草药师--库帕而（Culpeper）的扎作中一窥究竟，后来这些记载便成了今日芳香疗法的理论基础。