对体内大多数系统而言，芳香疗法是通过吸收精油成分进入血液或通过大脑间接地起作用的，而呼吸系统不同，它是直接受到精油的影响。大多数精油极易挥发，这就意味着其在各种疗法中都易于被吸入，从而完全以原样进入上下呼吸道的所有组织。因此，芳香疗法对呼吸系统的作用极大，精油也一直被广泛地用于以减轻呼吸系统疾病为目的的科学和医学研究。就呼吸系统而言，吸入法是迄今应用精油的最为也最为有效的方法。
一般人的鼻子可以辨别四千种以上的气味。嗅觉是靠鼻腔内的黄棕色组织，每个组织约有一千万个接受细胞，每个细胞又射出六至八条感觉纤毛，这些装置与大脑相连，是脑组织中最接近身体外界的部份。当它们感受到气味讯息时，会将此讯息扩散到脑的边缘系统及视丘下部。边缘系统为扁桃腺及海马回，是记忆中枢，负责将讯息加以解析；视丘下部则将讯息调节与转换，再送到脑的其它部门，如视神经、神经缝、神经角、脑下垂体等，而脑下垂体主宰着甲状腺、肾上腺和性腺等内分泌。总而言之，嗅觉藉由脑神经系统传达讯息刺激各部门，达到影响精神、心理、生理与行为的效果。
现代人因空气品质低劣，脑部长期缺氧，不胜负荷而有下列毛病的产生：记忆力减退、意志力不集中、沮丧、焦虑不安、神经质、内分泌失调等，这些都是与空气污染、嗅觉钝化有关。
所以现代社会，芳香疗法在改善嗅觉上扮演越来越重要的角色。很多天然植物被发现在增进人体健康方面有很好的功效，当然从天然植物当中萃取出来的精油也不例外，因此最近几年「芳香疗法」也成为一种放松身心、预防身体亚健康的新方法。